崇明县围绕生态岛建设纲要，着力构建立体式生态环境预警监测体系。
一是构建水环境监测体系。采用自动监测与人工监测相结合，围绕“一环二湖十竖”的水系格局设置常规水环境监测断面，重点监测饮用水源取水口，监测指标达109项。
二是构建环境空气监测体系。以自动监测为主，重点关注区域生态农业基地、东滩湿地等主要敏感区；增加温室气体指标监测，实时公布负氧离子浓度等指标监测结果。
三是构建声环境监测体系。将“区域、道路、机场、隧道”作为监测核心，完善利用原有噪声监测点，同时在长江隧桥出口新设噪声监测站。
四是构建土壤环境监测体系。围绕全岛五大功能区定位，重点监测中部良田基地、西部林果种植地以及北部蔬菜基地等敏感目标。
五是构建生物多样性监测体系，重点包括崇明岛区域野生动植物调查、主要水体、潮间带的水生生物监测和鱼类调查。
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