2010年11月26日，中国科学技术信息研究所（以下简称中信所）在北京公布了“2009年度中国科技论文统计结果”。上海交大SCI论文数首次超过3000篇，继续位居全国高校第二；SCI论文质量明显提高，我校SCI“表现不俗”论文数首次居全国高校第二。
2009年度中信所首次淡化科技论文数排名，只统计了各机构国际论文增长趋势。根据增长趋势计算，2009年度上海交大SCI收录论文数3140篇，较上年大幅增加404篇，继续保持全国高校第二，浙江大学依然居全国高校第一。上海交大EI收录论文数2636篇，继续居全国高校第四。
2008年度中信所首次对SCI“表现不俗”（超过所在学科论文被引次数世界均值）的论文进行了统计，2009年度再次强调论文质量引导。从“表现不俗”论文看，2009年度我校“表现不俗”论文共561篇，较上年大幅增加199篇，首次居全国高校第二，排名上升一位，浙江大学依然排名第一，医学院瑞金医院“表现不俗”论文27篇，并列居医疗机构第三；从SCI论文引文看，2009年度我校国际论文被引2533篇、8777次（2004-2008年收录的论文在2009年被引用的情况），较上年排名上升一位，居全国高校第四。2000-2009年我校SCI收录论文累积被引9644篇、71069次，继续保持全国高校第四。另外，我校马红孺、廖世俊两位教授发表的论文分别入选2009年中国百篇最具影响国际学术论文。
以上数据显示，通过多年来加强内涵建设，营造宽松的学术氛围，倡导自由探索、敢为人先、勇攀科学高峰的创新精神，引导高水平科研，注重学术追求，我校从事基础研究的水平和能力得以大幅提升，科技论文数量实现稳步增长，论文质量不断提高，国际学术影响力在不断攀升。
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